Агенцията е централизирана административна структура към министъра на финансите.

Агенцията е юридическо лице - второстепенен разпоредител с бюджетни кредити към министъра на финансите, със седалище София, ул. "Г. С. Раковски" 47.

Издръжката на агенцията се формира от бюджетни средства и от приходите по чл. 14 от Закона за митниците, на които агенцията е администратор.

Агенцията е структурирана в Централно митническо управление и регионални митнически дирекции в Бургас, Варна, Пловдив, Русе и София.

Регионалните митнически дирекции се ръководят от директори, които отговарят пряко за дейността на съответните регионални митнически управления.

Общата численост на персонала на Агенция "Митници" е 3705 щатни бройки.

Числеността на персонала в Централното митническо управление е 576 щатни бройки.

В рамките на общата численост на персонала на Агенция "Митници" се определя по един представител на агенцията в постоянното представителство на Република България към Европейския съюз в Брюксел, Белгия, в Световната митническа организация в Брюксел, Белгия, и в Регионалния център за борба с трансграничната престъпност към Инициативата за сътрудничество в Югоизточна Европа със седалище Букурещ, Румъния.

Администрацията на Централното митническо управление на агенцията е организирана в 4 дирекции обща администрация, 9 дирекции специализирана администрация, Инспекторат, Звено по сигурността на информацията и Звено за вътрешен одит.

Организацията и дейността на регионалните митнически дирекции се определят с правилници, приети от министъра на финансите, предложени от директора на агенцията.