Централната митническа лабораторията (ЦМЛ) се създава и стартира официално дейността си през 1998 г.
ЦМЛ е дирекция от специализираната администрация на Централно митническо управление на Агенция "Митници".
Лабораторията е разположена в сградата на Агенция „Митници". Оборудвана е със съвременна аналитична апаратура (линк към галерията) за изследване на широк обхват от стоки - селскостопански и хранителни продукти, напитки, промишлени стоки, горива и химически вещества - в т.ч. забранени и контролирани вещества и прекурсори. В ЦМЛ работят висококвалифицирани специалисти, които са обучавани в митнически лаборатории в Европа и САЩ.
През ноември 2010 г. ЦМЛ, получи първоначалната си акредитация по стандарт БДС EN ISO/IEC 17025:2006 от Изпълнителна агенция „Българска служба за акредитация" (ИА „БСА") и е издаден сертификат за акредитация рег. № 276 ЛИ/30.11.2010 г., валиден до 30.11.2014 г. Спазвайки всички изисквания на ИА „БСА" (процедура за акредитация BAS QR 2/версия 7, ревизия 2 от 01.12.214 г.), през октомври 2014 г. лабораторията се преакредитира и се издаде нов документ за акредитация рег. № 276 ЛИ/24.11.2014 г., валиден до 24.11.2018 г., който заменя предишния (сертификат (1)).
В края на 1999 г. в специализираната администрация на Митница Русе е създаден отдел Митническа лаборатория - Русе (МЛР). Лабораторията е специализирана в изследването на горива, разтворители, а в последните години разширява своята компетентност в охарактеризирането на тютюневи продукти за целите на акцизния и митнически контрол. От 2012 г. тя е акредитирана (сертификат (2)). В обхват на акредитация са методи за анализ на различни видове нефтопродукти в т.ч. определяне съдържанието на Евромаркер Solvent Yellow 124.
През 2006 г. е създадена и третата Митническа лаборатория - Пловдив (МЛП). Специализирана е предимно в изследване на хранителни продукти - пълно охарактеризиране за определяне на Мьорзинг код с цел облагане на стоките с допълнителни мита върху селскостопанските компоненти и акцизни стоки - етилов алкохол, спиртни напитки, тютюн и тютюневи изделия. През 2015 г. тя успешно се акредитира (сертификат (3), обхват на акредитация (4))
И трите лаборатории изследват, анализират и идентифицират стоки:
 За целите на митническия надзор и контрол; за нуждите на класирането на стоките в Комбинираната номенклатура на Европейския съюз; за прилагането на мерките на Общата селскостопанска политика на Европейския съюз;
 За целите на облагането с акциз.

Правомощия съгласно Устройствения правилник на АМ
Съгласно Устройствения правилник на АМ (5), Дирекция „Централна митническа лаборатория" е част от специализираната администрация в Централното митническо управление на Агенцията.
Дейностите, които тя извършва са следните:
1) изследва, анализира и идентифицира стоки за целите на митническия надзор и контрол;
2) изследва, анализира и идентифицира стоки, подлежащи на облагане с акциз;
3) изследва, анализира и идентифицира стоки, за които се прилагат мерките на Общата селскостопанска политика и на Общата рибарска политика на Европейския съюз;
4) изследва, анализира и идентифицира стоки за нуждите на класирането им в Комбинираната номенклатура на Европейския съюз;
5) изследва, анализира и идентифицира стоки, които са обект на специални мерки, включително нетарифни, съобразно действащото законодателство;
6) събира, обработва, систематизира и съхранява документи и специализирана научно-техническа информация, свързани с предмета на дейност;
7) усвоява, разработва и внедрява стандартни, нови, модифицирани и алтернативни методи за изследване, анализ и идентификация на стоките;
8) осигурява и съхранява стандартни образци, сертифицирани сравнителни материали и еталони;
9) организира, координира и отчита дейността на другите митнически лаборатории;
10) оказва експертна научно-техническа помощ на митническата администрация;
11) сътрудничи с български и чуждестранни лаборатории, организации, физически и юридически лица, свързани с предмета на дейност;
12) изготвя и издава по искане на митническите учреждения техническа информация за опасни и вредни материали и продукти;
13) осъществява методическо ръководство и подпомага митническите учреждения при създаването на организация за вземането на проби от митническите органи.

Административни услуги, извършвани от митническите лаборатории
Централната митническа лаборатория и митническите лаборатории в Пловдив и Русе могат да изследват проби от стоки, представени от външни заявители - юридически и физически лица, вкл. други държавни администрации. Цените на изпитванията са определени в Тарифа за таксите, които се събират от Агенция "Митници" по чл. 12 от Закона за митниците, одобрена от Министерския съвет с ПМС.
Заявките могат да се изпращат за предварителна оценка на възможностите за исканото изследване електронно на е- портал на Агенция Митници или чрез запитване по телефоните на лабораториите в София, Русе и Пловдив. След съгласуване на изследването пробите се представят в съответната лаборатория придружени с попълнена заявка по образец (София (7), Пловдив (8), Русе (9) ).
Сертификати
I. Декларация на ръководството на ЦМЛ (10)
II. Сертификат за акредитация и обхват на изпитвания - София (1)
III. Сертификат за акредитация и обхват на изпитвания - Русе (2)
IV. Сертификат за акредитация (3) и обхват на изпитвания (4)- Пловдив

Заявки и формуляри
I. Заявки за анализ/изпитване на юридически и физически лица
a. Заявка за анализ/изпитване - ДЦМЛ-София (7)
b. Заявка за анализ/изпитване -МЛ-Пловдив (8)
c. Заявка за анализ/изпитване -МЛ-Русе (9)
II. Заявки съгласно Правилника за прилагане на Закона за митниците:
a. Протокол за вземане на проба - формуляр за митницата (11)
b. Протокол за вземане на проба - формуляр за лабораторията (12)
c. Протокол за вземане на проба - формуляр за декларатора (13)
d. Заявка за анализ или контрол - заявител (14)
e. Заявка за анализ или контрол - лаборатория (15)
f. Етикет на проба (16)
III. Заявки съгласно Наредба № 3 от 18.04.2006 за вземане на проби и методите за анализ за целите на контрола върху акцизните стоки:
a. Протокол за вземане на проба - приложение № 1 към чл.12, ал.1 (17)
b. Етикет на проба - приложение № 2 към чл.13, ал.1 (18)
c. Заявка за анализ/експертиза - приложение № 3 към чл.14, ал.1 (19)
IV. Формуляри
a. Анкетна карта за удовлетвореност на външен посетител (20)
b. Декларация на външен посетител (21)
c. Анкетна карта за оценка работата на лабораторията (22)

Координати на дирекцията/звеното
Адрес:
1202 София
ул. "Г. С. Раковски" № 47
/Пресечката на ул. "Г. С. Раковски" и бул. "Сливница"/.
Телефон: (02)9859 4160, (02)9859 4151
Електронна поща: lab.ccl@customs.bg
Сметка:
БНБ
София -1000, пл. „Княз Александър І" № 1
IBAN: BG58 BNBG 9661 3100 1222 01
BIC BNBGBGSD
Работно време: 09,00 ч. ÷ 17,30 ч.