Дирекцията е част от специализираната администрация на Агенция „Митници", Централно митническо управление. Нейните функции се състоят в:

1. участва в разработването на митническата политика в областта на митническите режими и процедури и на данъка върху добавената стойност при внос на стоки, наричани по-нататък „митнически режими и процедури", както и в разработването на политиката в областта на митническото задължение;

2. ръководи методически и подпомага митническите учреждения в областта на митническите режими и процедури и митническото задължение, свързано с тях, както и в областта на установяването, събирането, опрощаването или възстановяването на митническото задължение и традиционните собствени ресурси, включително при обявяване на суми за несъбираеми и за подлежащи на отписване във връзка с чл. 17, параграфи 2 и 3 от Регламент (ЕО, Евратом) № 1150/2000 на Съвета от 22 май 2000 г. за прилагане на Решение 2007/436/ ЕО, Евратом относно системата за собствени ресурси на Европейските общности (ОВ, L 130 от 31 май 2000 г.);

3. анализира и обобщава информацията и съдебната практика, свързани с прилагането на митническото законодателство в областта на митническите режими, митническото задължение и традиционните собствени ресурси;

4. изработва или участва със свои представители в изработването на проекти на нормативни актове, свързани с митническите режими и процедури, включително по мерките, произтичащи от Общата селскостопанска политика и от Общата рибарска политика на Европейския съюз, както и свързани с митническото задължение и традиционните собствени ресурси;

5. изготвя становища по проекти на нормативни актове, подготвени в други ведомства, засягащи митническите режими и процедури, включително по мерките, произтичащи от Общата селскостопанска политика и Общата рибарска политика на Европейския съюз, както и свързани с митническото задължение и традиционните собствени ресурси;

6. предоставя информация и изготвя становища относно прилагането на митническото законодателство в рамките на компетенциите на дирекцията;

7. изготвя и съгласува за законосъобразност проекти на индивидуални административни актове и решения за прилагане на митническите разпоредби в областта на митническите режими и процедури, както и за прилагане на законодателството по въпроси в областта на митничес- кото задължение и традиционните собствени ресурси;

8. поддържа при необходимост бази данни, свързани с компетенциите на дирекцията;

9. следи за измененията в митническото законодателство на Европейския съюз и разработва указания във връзка с неговото прилагане;

10. участва в провеждането на работни срещи, дискусии, преговори и други подобни по въпроси, касаещи компетенциите на дирекцията;

11. администрира дейности, като:

а) общи гаранции и освобождаване от представяне на обезпечение при режим транзит;

б) разрешения за определени митнически складове;

в) разрешения за достъп на лица до режим ТИР;

г) определяне на друг размер на обезпечението или освобождаване от обезпечение за поставяне на стоки под митнически икономически режим;

д) обмен с другите държави - членки на Европейския съюз, и със страните на Конвенцията за общ транзитен режим на документите, използвани при режим Транзит;

е) разрешения за използване на опростени процедури за превоз на стоки с железопътен, въздушен и морски транспорт;

ж) разрешение за редовни корабни линии;

12. осъществява координация, наблюдение и надзор върху дейността на митническите учреждения по прилагане на нормативните и административните актове, касаещи компетенциите на дирекцията;

13. участва в работата на комитети, сесии, работни групи и други подобни форуми, провеждани в рамките на Икономическата комисия за Европа на Организацията на обединените нации, Световната митническа организация, Конвенцията за общ транзитен режим и други международни прояви, съобразно компетенциите на дирекцията;

14. участва в дейността на работните органи към институциите на Европейския съюз съобразно компетенциите на дирекцията;

15. оказва съдействие в дейността по квалификация на митнически служители и търговски оператори;

16. изготвя позиции по преюдициални запитвания, свързани с митническите режими и процедури, митническото задължение и традиционните собствени ресурси, по които страна в главното производство е Агенцията;

17. участва в изготвянето на проекти на позиции на Република България по преюдициални запитвания, свързани с митническите режими и процедури, митническото задължение и традиционните собствени ресурси, по които страна в главното производство е Агенцията;

18. осъществява процесуалното представителство пред органите на съдебната власт по производства, свързани с решения по прилагане на нормативните и административните актове в областта на митническите режими и процедури, митническото задължение и традиционните собствени ресурси, по които страна е Агенцията, пред Съда на Европейския съюз, както и в други случаи, възложени от директора на Агенцията;

19. ръководи методически и оказва правна помощ при вземането на решения по възникване и обезпечаване на митническо задължение в областта на митническите режими и процедури;

20. участва в обмена на данни и информация по линия на административното сътрудничество на международно и национално ниво в областта на митническото задължение и традиционните собствени ресурси, като:

а) събира и обменя информация с компетентните служби по традиционните собствени ресурси на държавите - членки на Европейския съюз, и службите на Европейската комисия;

б) регистрира случаите на измами и нередности с митни сборове над 10 000 евро и при необходимост актуализира вече регистрирани случаи в съответствие с чл. 6, параграф 5 от Регламент (ЕО, Евратом) № 1150/2000 на Съвета от 22 май 2000 г. за прилагане на Решение 2007/436/ ЕО, Евратом относно системата за собствени ресурси на Европейските общности;

в) изготвя и предава периодичните отчети за сметки „А" и „Б" за митните сборове в координационното звено за собствените ресурси на Министерството на финансите;

21. осъществява правно обезпечаване на цялостната дейност на дирекцията, включително при изработването на проекти на съответните нормативни и вътрешноведомствени актове.