Дирекцията е част от специализираната администрация на Агенция „Митници", Централно митническо управление. Нейните функции се състоят в:  

 

1. участва в разработването на митническата политика в областта на превенцията, разузнаването и разследването на административни нарушения/престъпления от компетентността на митническите органи;

2. ръководи методически, подпомага и контролира дейността на митническите учреждения в областта на:

а) противодействието на административни нарушения/престъпления от компетентността на митническите органи;

б) противодействието и разследването на незаконния трафик на наркотични вещества, прекурсори, продукти, свързани с отбраната, и на изделия и технологии с двойна употреба;

в) противодействието на нарушения на законодателството на Европейския съюз, възлагащо контролни функции на митническите органи;

г) физическите проверки на лица, извършващи дейности с акцизни стоки и обезпечаването на доказателства;

д) контрола върху пренасяните през държавната граница парични средства, благородни метали, скъпоценни камъни и изделия със и от тях;

е) противодействието и разследването на незаконно пренасяните през държавната граница парични средства, благородни метали, скъпоценни камъни и изделия със и от тях;

ж) прилагането на мерки за защита на правата върху интелектуалната собственост;

з) установяването на административни нарушения и налагането на административни наказания;

и) използването на митнически кучета;

3. осъществява взаимодействие и обмен на информация с правоохранителни и правоприлагащи органи в областта на разузнаването и разследването на административни нарушения/престъпления от компетентността на митническите органи;

4. осъществява Общностното управление на риска, включващо обмен на информация за риск и на резултатите от анализ на риска между митническите администрации въз основа на установени общи критерии и стандарти за риск, контролни мерки и приоритетни области за контрол;

5. планира и организира, включително чрез координационен център, извършване на физически проверки, като при необходимост осъществява прякото им оперативно ръководство;

6. организира и осъществява контрола чрез мобилните митнически групи;

7. организира и осъществява проверки чрез мобилните митнически групи и други служители на дирекция „Митническо разузнаване и разследване" в зоните на граничните контролно-пропускателни пунктове и на цялата територия на страната;

8. организира и осъществява проверки съгласно компетентността си по Закона за пътищата;

9. осъществява правно и експертно обезпечаване на дейността на дирекцията, включително при изработването на проекти на съответните нормативни и вътрешноведомствени актове;

10. изготвя и съгласува за законосъобразност проекти на индивидуални административни актове съгласно компетентността на дирекцията;

11. участва в дейността на Съвета за координация в борбата с правонарушенията, засягащи финансовите интереси на Европейския съюз (АФКОС);

12. осъществява административна взаимопомощ и сътрудничество в обхвата на Регламент на Съвета (ЕО) № 515/1997 г., Конвенция Неапол II и сключените споразумения за административно сътрудничество на европейско и национално ниво;

13. съдейства за повишаване квалификацията на митническите служители в областта на митническото разузнаване и разследване;

14. осъществява дейностите по проверка и установяване на нарушения във връзка с прилагането на законодателството на Европейския съюз, възлагащо функции на митническите органи;

15.  приема, съхранява и унищожава наркотични вещества и прекурсори;

16.  планира и организира цялостната дейност със специализирано техническо оборудване и технически средства с източници на йонизиращи лъчения в Агенцията съгласно изискванията на националното и общностното законодателство;

17.  координира, контролира и ръководи методически митническите учреждения при използването на специализирано техническо оборудване и технически средства с източници на йонизиращи лъчения;

18.  координира и контролира дейностите по извършване на анализ на рентгеновите изображения, получени в хода на митническия контрол, и обобщава резултатите чрез денонощен център за анализ;

19. планира, ръководи и контролира дейностите по внедряване, експлоатация и поддръжка на специализираното техническо оборудване и технически средства с източници на йонизиращи лъчения в Агенцията;

20. анализира потребностите и участва в обучения в областта на използването на специализирано техническо оборудване и технически средства с източници на йонизиращи лъчения;

21.  организира, извършва и координира оперативно-издирвателна и конвойна дейност;

22.  организира и координира дейността по разследване на престъпления в случаите, при условията и по реда, предвидени в Наказателно-процесуалния кодекс;

23. осъществява наблюдение в интернет пространството и събира и анализира данни с цел установяване и разкриване на митнически, валутни и акцизни нарушения и престъпления;

24.  осъществява процесуално представителство по административно-наказателни производства, както и в други случаи, възложени от директора на Агенцията;

25.  организира, координира и участва в специализирани национални и международни операции;

26. анализира и обобщава информацията, свързана с осъществяване на оперативен контрол във връзка с прилагане на митническото и акцизното законодателство;

27.  координира и контролира работата на школата за обучение на митнически кучета.

28.  организира и координира дейността на митническите учреждения по администриране на пътни и винетни такси на граничните контролно-пропускателни пунктове във връзка с действащия разрешителен режим за движението на моторните превозни средства на територията на Република България.