Агенцията се ръководи и представлява от директор. При осъществяване на своите функции директорът на Агенцията се подпомага от трима заместник-директори. Директорът делегира със заповед правомощия на заместник-директорите и определя техните функции. Функциите на директора в негово отсъствие или когато ползва законоустановен отпуск, се изпълняват от определен с негова заповед за всеки конкретен случай заместник-директор. Директорът на Агенцията е второстепенен разпоредител с бюджет по бюджета на Министерството на финансите.

Директорът на Агенцията:

1. представлява Агенцията;

2. осъществява ръководството и контрола върху изпълнението на нейните функции и задачи;

3. ръководи пряко дейността на Централното митническо управление;

4. планира, разпределя и администрира предоставените бюджетни средства на Агенцията;

5. назначава държавните служители, изменя и прекратява служебните правоотношения с тях;

6. сключва, изменя и прекратява трудовите договори с лицата, работещи в Агенцията по трудово правоотношение;

7. определя мястото на работа на служителите в Агенцията;

8. разрешава отпуските и командирова служителите на Агенцията;

9. утвърждава правила за организацията и дейността, вътрешния ред, работната заплата и допълнителните възнаграждения за постигнати резултати в Агенцията;

10. утвърждава длъжностното разписание на Агенцията;

11. утвърждава функционалните характеристики на отделните структурни звена в Агенцията;

12. определя длъжностите, за които е задължително носенето на служебно оръжие;

13. определя моторните превозни средства със специален режим на движение;

14. издава удостоверения за завършен курс на обучение за повишаване професионалната квалификация на служителите в митническата администрация;

15. издава наказателни постановления в случаите, определени със закон;

16. издава индивидуални административни актове в рамките на своите правомощия;

17. предлага на министъра на финансите или на определен от него заместник-министър мерки по провеждане на митническата политика;

18. предлага на министъра на финансите или на определен от него заместник-министър сключване на международни договори и присъединяване към международни конвенции в митническата област;

19. осъществява сътрудничество с други органи по формирането, изпълнението и контрола на дейностите, засягащи митническите въпроси;

20. изпълнява правомощията по чл. 7 и 7а от Наредбата за граничните контролно-пропускателни пунктове, приета с Постановление № 104 на Министерския съвет от 2002 г;

21. изпълнява други функции, възложени му със закон или с друг нормативен акт.