Административното ръководство на Агенцията се осъществява от главен секретар.

Главният секретар ръководи, координира и контролира дейността на администрацията в изпълнение на законните разпореждания на директора на Агенцията за точното спазване на нормативните актове и:

1. осигурява организационната връзка между директора и административните звена в Агенцията, както и между административните звена;

2. организира разпределението на задачите за изпълнение между административните звена на Агенцията;

3. създава условия за нормална и ефективна работа на звената на Агенцията;

4. контролира изпълнението на възложените на администрацията задачи;

5. контролира и отговаря за работата с документите и за тяхното съхраняване;

6. утвърждава вътрешни правила за организация на административното обслужване;

7. контролира изпълнението на задачите, свързани с отбранително-мобилизационната подготовка и военновременното планиране;

8. утвърждава длъжностните характеристики на служителите в Агенцията;

9. изпълнява и други задачи, възложени му от директора на Агенцията.