Дирекция "Митнически режим и процедури" се числи към специализираната администрация и като такава в рамките на своята компетентност участва в работата на органите на Европейската комисия и Европейския съвет. Нейните основни функции са:

1. участва в разработването на митническата политика в областта на митническите режими и направления, данъците при внос на стоки и износа и вноса на парични средства в наличност, благородни метали и скъпоценни камъни, наричани за краткост "митнически режими и процедури";

2. изработва или участва със свои представители в изработването на проекти на нормативни актове, свързани с митническите режими и процедури, включително по мерките, произтичащи от Общата селскостопанска политика и Общата рибарска политика на Европейския съюз;

3. ръководи методически и подпомага митническите учреждения в областта на митническите режими и процедури;

4.  изготвя становища по проекти на нормативни актове, подготвени в други ведомства, засягащи митническите режими и процедури, включително по мерките, произтичащи от Общата селскостопанска политика и Общата рибарска политика на Европейския съюз;

5. предоставя информация относно прилагането на митническото законодателство в рамките на компетенциите на дирекцията;

6. изготвя проекти на решения за прилагане на митническите разпоредби, свързани с митническите режими и процедури;

7. поддържа при необходимост бази от данни, свързани с компетенциите на дирекцията;

8. следи за измененията в общностното митническо законодателство и разработва указания във връзка с неговото прилагане;

9. участва в провеждането на работни срещи, дискусии, преговори и други подобни по въпроси, касаещи компетенциите на дирекцията;

10. администрира дейности, като:

• § общи гаранции при транзит на територията на страната;
• § разрешения за митнически агенти;
• § разрешения за определени митнически складове;
• § разрешения за одобрени превозвачи по Конвенция ТИР;
• § освобождаване от обезпечения при митнически икономически режими;
• § обмен с другите държави - членки на Европейския съюз, и със страните на Конвенцията за общ транзитен режим на документите, използвани при режим транзит;

11. осъществява координация, наблюдение и надзор върху дейността на митническите учреждения по прилагане на нормативните и административните актове, касаещи компетенциите на дирекцията;

12. участва в работата на комитети, сесии, работни групи и други подобни форуми, провеждани в рамките на Европейската икономическа комисия на ООН (WP 30), Световната митническа организация, Конвенцията за общ транзитен режим и други международни прояви съобразно компетенциите на дирекцията;

13. участва в дейността на работните органи към институциите на Европейския съюз съобразно компетенциите на дирекцията;

14. оказва съдействие в дейността по квалификация на митнически служители и търговски оператори;