Дирекцията е част от специализираната администрация на Агенция „Митници", Централно митническо управление. Нейните функции се състоят в:

1. ръководи методически и подпомага митническите учреждения в областта на последващия контрол;

2. следи за измененията в общностното митническо законодателство, свързано с последващия контрол, и разработва указания във връзка с неговото прилагане;

3. изработва или участва със свои представители в изработването на проекти на нормативни актове, свързани с последващия контрол;

4. планира и извършва проверки в рамките на последващия контрол, включително по мерките, произтичащи от Общата селскостопанска политика и от Общата рибарска политика на Европейския съюз;

5. планира и извършва контрол в митническите учреждения относно осъществените от икономическите оператори вносни и износни операции, като проверява данните за декларираните стоки, представените търговски документи и др.;

6. ръководи методически и подпомага митническите учреждения при осъществяване на последващи проверки за спазване на акцизното законодателство и на ревизии за установяване на акцизни задължения;

7. извършва последващи проверки за спазване на акцизното законодателство и ревизии за установяване на акцизни задължения;

8. дава становища след извършване на предварителни проверки за изпълнение на изискванията за издаване на лицензи за управление на данъчни складове;

9. дава становища след извършване на предварителни проверки за изпълнение на изискванията за издаване на разрешения, свързани с прилагането на митническите режими и процедури;

10. отчита резултатите от контролната дейност, анализира предпоставките за извършване на нарушения на законодателството и предлага мерки за тяхното отстраняване;

11. създава и поддържа база данни във връзка с последващия контрол;

12. осъществява контрол върху установените и събираните държавни вземания в резултат на извършена проверка;

13. идентифицира и анализира рисковете от неспазване на митническото и акцизното законодателство, като в резултат селектира лица за целите на последващия контрол;

14. организира, координира, ръководи и контролира дейностите, свързани с прилагането на разпоредбите, отнасящи се до опростените процедури за деклариране, като:

а) разработва методически указания, отнасящи се до опростените процедури за деклариране на внасяните и изнасяните стоки, с цел тяхното актуализиране и осъществява контрол по прилагането им;

б) съгласува проектите на разрешения за прилагане на опростените процедури на деклариране - "облекчено деклариране и оформяне на място", изготвяни от компетентното митническо учреждение; извършва проверка на условията за разрешаване на процедурата съгласно информацията в приложените документи и данните, посочени в предоставения проект на разрешение;

в) оказва методическо ръководство на митническите учреждения при извършването на последващи проверки на икономически оператори, получили разрешение за прилагане на опростените процедури на деклариране - "облекчено деклариране и оформяне на място";

15. организира, координира, ръководи и контролира дейностите, свързани с прилагането на разпоредбите, отнасящи се до одобрените икономически оператори;

16. оказва съдействие в дейността по квалификацията на митническите служители и информираността на икономическите оператори в областта на митническото и акцизното законодателство чрез провеждане на работни срещи, обучения, семинари и др.