Инспекторатът е на пряко подчинение на директора за осъществяването на административен контрол върху дейността на митническата администрация.

Дейността на инспектората е насочена към пълно, обективно, безпристрастно и точно изясняване на проверяваните случаи и предлагане на мерки за тяхното решаване с цел:

1. предотвратяване и отстраняване на нарушения при функционирането на Агенцията;

2. независима и обективна оценка на дейността на Агенцията;

3. подобряване работата на Агенцията.

Инспекторатът извършва проверки по утвърден от директора на Агенцията годишен план, предложен от ръководителя на инспектората, по конкретни поводи, а също и по случаи с широк обществен отзвук.

Инспекторатът има следните функции:

1. извършва комплексни, тематични, планови, извънпланови и последващи проверки на митническите учреждения, на дейности и процеси по осъществяване на административната дейност в Агенцията, както и проверки за спазване на митническото, акцизното, валутното и друго законодателство;

2. изследва риска от корупция и предлага мерки за ограничаване на установени уязвими точки;

3. извършва проверки по сигнали и предложения срещу незаконни или неправилни действия или бездействия на служителите на Агенцията;

4. проверява спазването на законите, подзаконовите и вътрешноведомствените актове за организацията на работа от служителите на Агенцията;

5. прави предложения до директора на Агенцията за образуване на дисциплинарни производства при констатирани нарушения на служебните задължения, както и на Кодекса за поведение на служителите в държавната администрация;

6. следи за предприетите действия за отстраняване на слабостите и нарушенията, констатирани при проверките;

7. осъществява контрол и извършва проверки във връзка със Закона за предотвратяване и установяване на конфликт на интереси;

8. участва в разработването на проекти и прави предложения за нови или за изменение на вътрешноведомствени актове, регламентиращи организацията на работа и дейността на Агенцията;

9. изготвя проекти на сигнали до органите на прокуратурата, когато при проверки се установят данни за извършено престъпление, включително от страна на служители на Агенцията;

10. приема и съхранява декларациите по чл. 10, ал. 6 от Закона за митниците, поддържа регистър за тях и извършва проверки за имотното състояние на митнически служители;

11. съставя актове за установяване на административни нарушения по чл. 238б от Закона за митниците;

12. осъществява и други дейности, свързани с административния контрол, произтичащи от нормативни актове или възложени от директора на Агенцията.

Проверките на инспектората се извършват въз основа на писмена заповед на директора на Агенцията. Ръководителят на инспектората докладва на директора на Агенцията за резултатите от извършените проверки и прави предложения за отстраняване на констатираните пропуски и нарушения. На служителите на инспектората се осигурява непосредствен достъп до всякакви видове носители на информация, необходими за изпълнение на възложените им функции. Служителите в Агенцията са длъжни да оказват пълно съдействие на служителите на инспектората при осъществяване на функциите им. Ръководителят на инспектората представя ежегоден отчет на директора на Агенцията за дейността на инспектората през съответната година.