През 2016 г. Агенция „Митници" отново повиши своя финансов резултат, като внесе в държавния бюджет 8255.3 млн. лева приходи от мита, ДДС при внос, акцизи и глоби. Сумата е с 2.4% над постъпленията през 2015 г. и с 3.5% над приходите, заложени в Закона за държавния бюджет на Република България за 2016 г. На 4877.6 млн. лева възлизат нетни приходи от акциз, от които 4805.0 млн. лева постъпили в държавния бюджет, 1.7 млн. лева са сумите, погасени с ваучери, представени от земеделските производители за зареждане на горива, и 70.9 млн. лева е размерът на акциза, преведен на Министерство на земеделието и храните (МЗХ), във връзка с прилагането на схема за държавна помощ „Помощ под формата на отстъпка от стойността на акциза върху газьола, използван в първичното селскостопанско производство".  Постигнатите резултати надвишават с 6.8% приходите от акциз, събрани през 2015 г., и с 4.4% - планирания им годишен размер.

В областта на митническото разузнаване и разследване бе повишена ефективността на контролните действия, като за периода бяха задържани, иззети и обезпечени стоки с оценена пряка щета за бюджета близо 21 млн. лева, както и валута и благородни метали на стойност над 5 млн. лева. Проактивните действия в областта на борбата с контрабандата на цигари бяха верифицирани и от независимото изследване на инициативата „Срещу незаконната търговия", което отчете, че само за година делът на потребяваните в страната нелегални цигари е намалял с 5.3 процентни пункта от 13.4%  през второто тримесечие на 2015 г. до 8.1% през същото тримесечие на 2016 г.

През изминалата година Агенция „Митници" е задържала над 43.9 млн. къса нелегални цигари, което е с 47.0% повече в сравнение с предходния период. Агенция „Митници" реализира сериозни задържания на нелегален тютюн за пушене, като за 2016 г. отбелязваме ръст на количествата с 80.0% до 51 722 кг. Този резултат отразява усилията на митническата администрация за ограничаване на нелегалната търговия в една сравнително нова ниша, появила се в отговор на нарастващите цени на тютюневите изделия. 440 000 л са енергийните и над 289 000 л са алкохолните продукти, за които е установено нарушение на акцизното законодателство.

Общото количество наркотични вещества и прекурсори, задържани от Агенция „Митници" през 2016 г. възлиза на над 3 721.655 кг в 99 случая. Наблюдава се нарастване спрямо предходната година, както при задържаните количества (три пъти), така и при броя на случаите ( с 10.0%).

Изминалата година бележи ръст от 40% и при заловените количества хероин (360 кг в 18 случая).

През изминалата година марихуаната беше най-често задържания вид наркотик на границите на страната. Митническите служители предотвратиха 21 опита за нелегален трафик и задържаха общо 636,701 кг марихуана. Това количество е със 17% по-голямо в сравнение със задържаното през 2015 г.

През 2016 г. митническите служители задържаха 57,986 кг кокаин в 15 случая. Нов момент са залавянията на значителни за страната ни количества кокаин, превозвани с товарен сухопътен транспорт от Западна Европа през или за България. Пример за това са задържаните от митническите органи количества на вход в страната на МП Калотина (23 кг) и ГКПП Кулата (26 кг).