Звеното за вътрешен одит е организирано в отдел на пряко подчинение на директора на Агенцията и осъществява вътрешен одит по Закона за вътрешния одит в публичния сектор.

Звеното за вътрешен одит осъществява дейността по вътрешен одит на всички структури, програми, дейности и процеси в Агенцията и на разпоредителите с бюджет от по-ниска степен към директора на Агенцията.

Звеното за вътрешен одит:

1. планира, извършва и докладва своята дейност в съответствие с изискванията на Закона за вътрешния одит в публичния сектор, Стандартите за вътрешен одит, Етичния кодекс на вътрешните одитори, статута на отдела и утвърдената от министъра на финансите методология за вътрешен одит в публичния сектор;

2. дава на директора на Агенцията независима и обективна оценка за състоянието на финансовото управление и контрол на всички одитирани структури, програми, дейности и процеси в Агенцията, в т. ч. спазването на принципите за законосъобразност, добро финансово управление и прозрачност;

3. консултира директора на Агенцията по негово искане, като дава съвети, мнение, обучение и др. с цел да се подобрят процесите на управление на риска и контрола, без да поема управленска отговорност за това.