Агенция „Митници“  е структурирана в Централно митническо управление и в териториални дирекции:

• ТД Тракийска,
• ТД Югозападна,
• ТД Дунавска,
• ТД Северна морска
• ТД Южна морска.

Администрацията на Централното митническо управление на Агенцията е организирана в 5 дирекции обща администрация Главна дирекция „Митническо разузнаване и разследване", Главна дирекция „Информационни системи и аналитична дейност" и 3 дирекции специализирана администрация, инспекторат и звено за вътрешен одит.

Общата численост на персонала на Агенцията е 3362 щатни бройки, като от тях 1304 щатни бройки са към Централно митническо управление (включително регионалните звена на главните дирекции).

Организационна структура на Агенция "Митници"