Агенцията е централизирана административна структура към министъра на финансите.
Агенцията е структурирана в Централно митническо управление и девет митници -Аерогара София, Бургас, Варна, Лом, Пловдив, Свищов, Столична, Русе и Югозападна.
Митниците се ръководят от началници, които отговарят пряко за дейността на съответните митнически учреждения.
Общата численост на персонала на агенцията е 3362 щатни бройки, от които 560 щатни бройки е числеността на Централно митническо управление.
В рамките на общата численост на персонала на агенцията се определя по един представител на агенцията в Постоянното представителство на Република България към Европейския съюз в Брюксел, Белгия, в Световната митническа организация в Брюксел, Белгия, и в Регионалния център за борба с трансграничната престъпност към Инициативата за сътрудничество в Югоизточна Европа със седалище Букурещ, Румъния.  
Администрацията на Централното митническо управление е организирана в 5 дирекции обща администрация, 6 дирекции специализирана администрация, инспекторат и звено за вътрешен одит.
Служители от Централното митническо управление и от митниците в рамките на своята компетентност участват в работните органи на Европейския съюз, международните организации и конвенции.
Организацията и дейността на териториалните митнически учреждения (митници) се определя с правилници, приети от министъра на финансите, предложени от директора на агенцията.